كانت وما زالت المناطق الصناعية المؤهلة مثار جدل واسع بين اوساط مختلفة منها الاقتصادية والسياسية والحزبية وغيرها منذ اقامتها وذلك بسبب الحظوة والدعم والترويج الرسمي لها، وما اذا كانت ستخدم الاقتصاد الوطني وتساهم بتشغيل اعداد كبيرة من المواطنين الاردنيين. من بين التسهيلات والمزايا التي حظيت بها المناطق الصناعية المؤهلة اعفاء المشتريات المحلية للمصانع القائمة من ضريبة المبيعات بنسبة الصفر.
فقد صدر كتاب رئاسة الوزراء رقم ١٢/ ١١ /٤ / ١٨٥٢٠ تاريخ ١٦ /٦ / ٢٠٠٤ والذي بموجبه تمت الموافقة على اخضاع مشتريات الشركات القائمة في المناطق الصناعية المؤهلة للضريبة العامة على المبيعات بنسبة الصفر على ان تشمل ذلك مشترياتهم من المناطق الحرة. كما حظيت تلك المناطق باعفاءات من ضريبة الابنية والاراضي «المسقفات» القائمة في البلديات، اذ ان قيمتها قليلة جدا مقارنة مع مناطق اخرى من المملكة.
كما يسمح لتلك المصانع ببناء وتنفيذ ابنية صناعية بمساحات مختلفة جاهزة للتأجير الفوري وبجودة عالية وبمساحة بناء مسموح فيها لغاية ٧٠٪ من مساحة الارض الصناعية، وكذلك مسموح البناء حتى ارتفاع ٤ طوابق. ومن بين التسهيلات والحوافز المقدمة لهذه المناطق المؤهلة ما جاء في وزارة العمل التي وفرت للوحدات المبنى لمدة خمس سنوات مجانا، وبعد ذلك يدفع المستثمر اجرة ٧٥٪ من القيمة، كما تدفع الوزارة ما كلفته ٣٠٪ من اجور العمالة في هذه الوحدات، فضلا عن التزم الوزارة بدفع نسبة الضمان الاجتماعي التي يدفعها العامل وتأمينه بالمواصفات لمدة ١٨ شهرا، مقابل التزام صاحب المصنع بتشغيل العمال الاردنيين ١٨ شهرا اضافية.
وهذه المصاريف وتحويل هذه الامتيازات لمستثمري الوحدات الفرعية يتم من خلال صندوق دعم وتدريب وتشغيل العمالة التابع لوزارة العمل، ومصدر التمويل الرئيسي له هو رسوم تصاريح العمالة الوافدة التي يدفعها اصحاب العمل الاردنيون. وبحسب ما تقول وزارة العمل فان الدعم المذكور موجه الى الفروع الانتاجية للمصانع في مناطق متعددة من المملكة، والتي بدأت اربعة فروع منها بالعمل حاليا هي الشوبك، وليلة الحمايدة، الوسطية، ودير ابي سعيد، في حين تستعد ثلاثة فروع اخرى لمباشرة اعمالها في غضون الاشهر المقبلة في منطقة الغور الاوسط والطفيلة وفقوع بالكرك.
ووفقا للدراسة التي اعدها النقابي المهندس ميسرة ملص فان الحكومة دعمت وتزيد في دعمها صناعات المناطق المؤهلة بقصد اغرائها لتوظيف عمالة اردنية، لكن هذا الدعم سيذهب عبثا ولن يتغير سلوك مديري تلك الصناعات الذين يفضلون العمالة الاسيوية لاسباب تتعلق اساسا برسوم تصاريح العمل. وبحسب ما يقول كثير من المراقبين والاقتصاديين والخبراء فان الجدوى والغايات المرجوة من المناطق الصناعية المؤهلة لم تأت بشيء يذكر على الاقتصاد الوطني، والناتج المحلي الاجمالي.
كما تشير معلومات ان وزارة العمل قدمت الكثير من التسهيلات والحوافز لهذه المناطق وانها تدرس حاليا جدوى هذه المناطق على الاقتصاد الوطني واعادة قرءة هذه المناطق. وتؤكد العديد من المصادر ان المناطق الصناعية المؤهلة تعتمد على مواد خام مستوردة بنسبة ١٠٠٪ وعمالة مستوردة بنسبة ٧٥٪ وعلى حساب العمالة المحلية فيما تحول كامل أرباحها الى الخارج.