أشار تقرير ديوان المحاسبة م أنه لدى تدقيق قيود وسجلات وزارة التعليم العالي والبحث العلمي لعام 2007 تبين ما يلي :
1. وجود طوابع في قسم تصديق الشهادات تزيد على ( 115000 ) دينار لم يعد بحاجة لاستخدامها علما بأنها مستلمة من وزارة المالية عام 2005/2006 .
2. لا يحمل بعض موظفي فسم تصديق الشهادات المؤهل العلمي المناسب للعمل في القسم .
3. استخدام سيارات الوزارة لإغراض البريد بالرغم من تخصيص دراجة نارية لهذه الغاية .
4. تقاضي أعضاء هيئة اعتماد مؤسسات التعليم العالي مكافآت مالية بالرغم من تعينهم بعقود شاملة .
5. عدم تنفيذ توصيات لجنة الجرد المشكلة بموجب كتاب معالي وزير التعليم العالي رقم 4/2/3951 تاريخ 27/3/2008.
6. عدم إجراء تعديل لسيارات الوزارة منذ فترة طويلة.
واوصى التقرير بالعمل على تصويب بنود الاستيضاح .
وأوضح التقرير أنه تم إنشاء الاتحاد الثقافي والفني للجامعات الأردنية من قبل مجلس التعليم العالي بالرغم من عدم وجود صلاحية لمجلس التعليم العالي لإنشاء اتحاد ثقافي وفني .
وأوصى التقرير باتخاذ الإجراءات الكفيلة بالتصويب .
وأشار التقرير أنه يلاحظ وبشكل ملفت للنظر ضعف الإنفاق على البحث العلمي إذ لا تتجاوز قيمة الإنفاق على البحوث والتطوير بالنسبة للناتج القومي الإجمالي، (0.4 %) في الأردن، وهو منخفض جداً إذا تمت مقارنته بمتوسط المقاييس الدولية البالغ (1% و 2.3 %) من الناتج القومي الإجمالي في الدول المتطورة والدول الصناعية:
1. انخفاض الميزانيات المخصصة للبحوث العلمية فمازالت نفقات البحث العلمي متدنية حيث شكلت ما نسبته (4%) فقط من إجمالي إنفاق الجامعات في سنة2007 منخفضة بنسبة (6%) عنها في سنة 2006.
2. محدودية نشاطات البحث العلمي التي يجريها أعضاء الهيئات التدريسية بسبب ثقل الأعباء التدريسية والإدارية ونقص مرافق البحث العلمي في بعض المجالات كالمختبرات المتطورة.
3. ضعف التعاون بين قطاع الصناعة وبين مؤسسات التعليم العالي, مما يساهم بطرح بحوث غير واقعية لا تتضمن قيمة فعلية لتطوير الاقتصاد الوطني، حيث لا نجد منح وتبرعات ذات قيمة تذكر من قبل القطاع الخاص لدعم البحث العلمي.
و أوصى التقرير زيادة مخصصات البحث العلمي ضمن موازنات الجامعات لما له من أثر ايجابي على مخرجات التعليم وتنمية وحل مشكلات العصر للمجتمع المحلي مثال ذلك (مشاكل الطاقة والمياه).
و ذكر التقرير انه تلجأ الجامعات الرسمية إلى الاقتراض لتغطية كلف مشاريعها المختلفة، حيث بلغ مجموع القروض المالية للجامعات مبلغ (6.3) مليون دينار للسنة المالية 2007 رغم وجود وفورات مما يدل على عدم وجود الدراسات المالية اللازمة لاستغلال هذه الوفورات بأوجه انفاق واضحة المعالم و بجدوى اقتصادية وبما يضمن الاستفادة القصوى من المبلغ المقترض بأقل التكاليف على الجامعات.
وأوصى التقرير بعدم اللجوء إلى الاقتراض قدر الإمكان لتجنب أعباء المديونية التي ترهق موازناتها مستقبلاً , و ضرورة تفعيل المادة (3/أ) من قانون الرسوم الإضافية للجامعات الأردنية رقم (4) لسنة 1985 وتعديلاته المتضمن "يستوفى (1%) سنويا من الأرباح الصافية للشركات المساهمة العامة والشركات الأجنبية المسجلة في المملكة والعاملة فيها"، لتعظيم إيرادات الجامعات , و ترشيد الإنفاق المتكرر عن طريق الربط بين الموارد المتاحة وبين استغلالها بكفاءة وفاعلية واعتماد معايير موضوعيه للإنفاق تسهل على الجامعة تقييم الأداء بموجبها.
وأوضح التقرير انه لا يتم حالياً ربط الدعم الحكومي بالإنجازات التي تحققها الجامعات بالعجز الحقيقي لها بعد التمويل.
واوصى التقرير بإعادة هيكلة الدعم الحكومي وربطه بالإنجازات التي تحققها مقارنة بالعجز الحقيقي لها بعد التمويل , و إعادة النظر في أسس توزيع الدعم الحكومي من الرسوم الجمركية والإضافية بما يتناسب مع الوضع المالي للجامعات التي تعاني عجزا متكررا .
وذكر التقرير انه لدى تحليل الإيرادات الذاتية ومقارنتها مع أعداد الطلبة الدارسين فيها يتبين أن الطالب في جامعة العلوم والتكنولوجيا يشكل أعلى مردود في الإيرادات الذاتية حيث يساهم الطالب في الإيرادات الذاتية مبلغ (1915) دينار يليه في الجامعة الأردنية بمبلغ (1760) دينار بينما كان اقل إيراد من الطالب في جامعة آل البيت حيث يساهم الطالب من الإيرادات الذاتية مبلغ (893) دينار ثم في جامعة الحسين بمبلغ (914) دينار.
واوصى التقرير بضرورة وضع معايير وأسس لتوحيد الرسوم الجامعية تضمن أن كل المواطنين متساوون في الحقوق والواجبات.